比特币和莱特币的算法并不相同，比特币采用SHA-256哈希算法，莱特币使用Scrypt内存型算法，二者虽然底层都依托工作量证明机制搭建，但是核心运算逻辑有着本质区别，也直接造成两条币种的挖矿生态、硬件设备以及网络结构出现明显分化，很多新手会因为莱特币复刻了比特币早期代码，就误以为两者算法一致，实际上只是交易账本结构相近，核心的加密运算规则做了针对性修改。
SHA-256属于算力密集型算法，运算过程只依靠芯片的运算速度完成哈希计算，对运行内存的需求很低，这种特性让这款算法很容易被定制化ASIC芯片优化，随着行业发展，比特币挖矿迅速从电脑CPU转向专业矿机，普通硬件完全没有参与挖矿的竞争力，全网算力高度集中在大型矿场手中，算力集中度长期处在较高水平。而Scrypt算法在运算过程中需要持续调用大容量高速内存，属于内存硬算法，设计初衷就是削弱专用芯片的优势，早期阶段普通显卡都可以参与挖矿，原本的目标是延缓算力垄断的进程，只是后期行业同样研发出适配Scrypt的专用矿机，只是两款矿机无法相互通用，比特币矿机不能用来开采莱特币，两者的算力体系完全独立运行。
算法的差异还间接影响到两条公链的运行节奏，在难度自动调节机制逻辑相同的前提下，不同算法的运算效率搭配不同的出块时间，莱特币设定2.5分钟打包一个区块，比特币为10分钟，更快的出块速度让莱特币的交易确认流程更加迅速，日常转账的等待时长会短很多。同时Scrypt算法还有一个独有的特点，可以实现合并挖矿模式，矿工使用同一台矿机，在开采莱特币的同时还能挖出狗狗币，不需要额外消耗电力与算力资源，这种模式进一步提升了莱特币网络的算力规模，也让这条公链的安全防护能力拥有额外的支撑，这是SHA-256算法无法实现的功能。
两种算法的安全等级都经过长时间市场检验，不存在明显的安全性差距，只是生态走向截然不同，SHA-256的产业链更加成熟，配套的矿机型号丰富，市场流动性更强，而Scrypt生态规模更小，算力分布相对分散，受行业周期波动的影响会更明显。不少投资者在配置资产时，会把两种币种搭配布局，除了总量和转账速度之外，算法相互独立也是重要的考量因素，两条链不会出现算力互通带来的连锁风险，即便其中一条网络出现算力波动，也不会直接传导至另一条币种。
